Pour celles qui font du Word avec sous-documents et documents maîtres, ça se passe bien pour les références croisées / les tables des matières et mini-tables / etc ?
Je suis (et j'ai fait ma thèse dans) un labo pluri-disciplinaire avec des cultures assez différentes, donc en gros d'un côté du labo c'est LaTeX sans se poser de questions (un jour en L2 on m'a dit : le rapport est à rendre en LaTeX, débrouillez-vous), de l'autre côté c'est pas du tout ancré et ça fait peur aux encadrants.
On voit souvent les doctorant-es qui rédigent avec Office arriver en crise de nerfs à la cafet quelques semaines avant leur rendu parce que justement un truc du genre ne fonctionne pas comme ils veulent ou n'est pas possible. J'en connais un récemment qui s'est mis à passer sa thèse en LaTeX à un mois du rendu

. Cela dit nous côté LaTeX on avait nos propres crise de nerfs type «je rends dans 48h, j'ai rajouté babel french pour avoir des guillemets français correct dans mon intro et maintenant mes figures Tikz compilent plus et mon glossaire est tout cassé» (oui c'était moi

et oui j'étais dans la frange un peu extrême qui fait les figures avec LaTeX aussi

). Donc bon, de ce côté là ça se vaut (à part qu'en LaTeX c'est toujours possible de faire ce qu'on veut... en cherchant)

et ça rejoins plutôt les questions d'habitudes dans la communauté.
TeX est effectivement
turing-complet un langage de programmation, mais pour l'usage classique de LaTeX, on peut le voir plutôt comme un langage de markup (comme du markdown ou de l'html) : des commandes (balises) qui servent à indiquer la structure du document. Avec un bon éditeur qui te simplifie la vie (et surtout un éditeur de tableau, ne t'inflige pas de faire les tableaux à la main), ça se fait bien je pense.
Pour les corrections chez moi c'était très old school : une liasse déposée sur le bureau de ma DR qui me revenait avec du stylo rouge partout

ou éventuellement un pdf annoté. Mes deux encadrants étaient team LaTeX, mais pour moi c'était logique d'avoir moi-même la main sur toutes les corrections effectives, même les typo. D'autres doctorants fonctionnent effectivement avec des documents partagés (voir des dépots git mais ça c'est encore autre chose et plus propre à notre communauté sans doute)
@Francesca Tu peux utiliser Zotero et LaTeX sans souci je pense

(c'était pas mon cas j'avais un autre gestionnaire de biblio pour le coup très TeX-eux, mais la plupart des doctorants autour de moi utilisaient Zotero ou Mendeley)
Dans tous les cas ce qui compte c'est effectivement d'avoir le bon réseau de compétence autour de toi (de ce que j'entends au labo, j'ai pas l'impression que ce soit tellement plus simple / pose moins de problèmes avec Office... juste les problèmes sont différents). Perso, ce que j'apprécie avec LaTeX (outre l'aspect formules et figures / figures programmées qui est plus propre à mon domaine), c'est effectivement la légereté pour la gestion des gros documents / la gestion des sous-documents qui se fait sans accroc, le fait de ne pas être dépendant d'un logiciel d'édition en particulier (alors oui, docx est en principe un standard, mais Microsoft ne respecte pas sa propre norme, donc concrètement... il y a des choses qui cassent en changeant de logiciel), et n'ayant aucun sens esthétique, avoir un rendu clean sans m'en préoccuper
